疫苗通行證實施以來引發爭議。港大李嘉誠醫學院公共衛生學院流行病學講座教授高本恩、港大李嘉誠醫學院藥理及藥劑學系榮譽助理教授陳德光在文章指出，據公共衛生學院推算，第五波至今有多於400萬人感染Omicron BA.2；有賴高接種率及大量感染後築起的群體免疫屏障，第五波正漸減退並將在數周內結束，觀乎本港群體免疫水平，此時透過疫苗通行證以期建立免疫屏障已失去意義，進一步「谷針」不會重大影響往後疫情社區感染個案。
文章指出，市民在「知情同意」原則下有權拒打針，但當年輕成年人日常生活必須用疫苗通行證，令他們幾乎不能拒絕接種，政策本質與強制接種無異，如拒打針便不能上班上學，政策嚴重限制個人自由，本質上取締了「知情同意」原則。
60歲以下成人 九成已打兩針指重症死亡風險很低文章續提到，60歲以下死者只佔第五波死亡個案4%，該年齡層未打針的年輕成年人重症和死亡風險本已較長者低，且逾九成已打最少兩針，基於高接種率及第五波產生的自然免疫力，可預期往後疫情只會有極少數年輕成年人重症和死亡，他們即使不打針、只打一針或兩針，重症和死亡風險仍很低，難言會拖垮醫療系統，觀乎香港已築起的免疫屏障，年輕成年人進一步打針對清零或維護醫療系統難言再有明顯助益。
他們呼籲市民尤其長者打3或4針，保護自己和家人，但不贊成政府繼續透過「脅迫性」政策向年輕成年人「谷針」，建議讓60歲以下成人毋須用疫苗通，長者則仍面對最高重症和死亡風險，「谷針」雖無助控制往後疫情感染數字，但接種計劃應重點針對提升長者疫苗覆蓋率，若長者接種率仍偏低，在長者繼續推行疫苗通行證會有節有理。
政府專家顧問、中大呼吸系統科講座教授許樹昌稱，本港第三針接種率僅五成，形容「未安全」，須推高至最少七成，若准60歲以下者不用疫苗通行證，他們會更無意欲打第三針，亦予公眾感覺疫苗通行證不重要。他說打兩針後抗體會隨時間下跌，不少未滿60歲的人屬前線工作高危群組，如食肆員工、貨櫃車司機及醫護，有必要維持疫苗通行證要求，以推高接種率，亦很難分年齡層實施。他強調「要睇大局」，內地堅持動態清零，本港亦擬繼續放寬社交距離措拖及恢復通關，若放寬疫苗通行證「會製造好多漏洞」。
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